При выявлении заражения (засорения) подкарантинных объектов карантинными объектами уполномоченный федеральный орган исполнительной власти устанавливает карантинную фитосанитарную зону и карантинный фитосанитарный режим, делает представление в орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации, налагающий карантин.
В карантинной фитосанитарной зоне проводятся мероприятия по борьбе с карантинными объектами, локализации, ликвидации их очагов, вводятся запреты на использование определенной подкарантинной продукции (подкарантинного материала, подкарантинного груза), запреты на вывоз с территории карантинной фитосанитарной зоны определенной подкарантинной продукции (подкарантинного материала, подкарантинного груза), ограничения такого использования и вывоза и иные запреты и ограничения.
При ликвидации очагов карантинных объектов уполномоченный федеральный орган исполнительной власти упраздняет карантинную фитосанитарную зону и отменяет карантинный фитосанитарный режим, соответствующий орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации снимает карантин.