Федеральные целевые программы в области охраны озера Байкал формируются Правительством Российской Федерации в порядке, установленном законодательством Российской Федерации.
Субъекты Российской Федерации осуществляют разработку и реализацию межмуниципальных целевых программ в области охраны озера Байкал, а также участвуют в разработке и выполнении федеральных целевых программ в области охраны озера Байкал.