Структура Судебного департамента утверждается решением коллегии Судебного департамента по согласованию с Советом судей Российской Федерации.
1. Судебный департамент состоит из следующих подразделений: главное управление организационно-правового обеспечения деятельности судов; главное управление обеспечения деятельности военных судов; главное финансово-экономическое управление; управление государственной службы и кадрового обеспечения; контрольно-ревизионное управление; управление делами; управление капитального строительства, эксплуатации зданий и сооружений; отдел учебных и образовательных учреждений; отдел международно-правового сотрудничества.
2. По представлению Генерального директора Судебного департамента коллегия Судебного департамента (далее - коллегия) может принять решение об образовании в Судебном департаменте иных подразделений.