Счетная палата в процессе исполнения федерального бюджета контролирует полноту и своевременность денежных поступлений, фактическое расходование бюджетных ассигнований в сравнении с законодательно утвержденными показателями федерального бюджета, выявляет отклонения и нарушения, проводит их анализ, вносит предложения по их устранению.
Счетная палата ежеквартально по установленной форме представляет Федеральному Собранию Российской Федерации оперативный отчет о ходе исполнения федерального бюджета, в котором приводятся фактические данные о формировании доходов и произведенных расходах в сравнении с утвержденными федеральным законом о федеральном бюджете на текущий год показателями за истекший период, квартал.
Форма отчета утверждается Государственной Думой по согласованию с Советом Федерации.
В целях обеспечения своевременного сбора и обработки информации, необходимой для составления Счетной палатой отчета об исполнении федерального бюджета, в Российской Федерации вводится обязательная для всех федеральных органов исполнительной власти, предприятий, учреждений и организаций финансовая отчетность. Решение о конкретных сроках введения и формах данной отчетности принимается Правительством Российской Федерации по представлению Счетной палаты.
Данные оперативного контроля используются при планировании ревизий и проверок.