При реализации ценных бумаг расходом признается цена приобретения реализованных ценных бумаг, рассчитанная с учетом установленного налогоплательщиком метода учета ценных бумаг (ФИФО, ЛИФО, по стоимости единицы)
Источник: "Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)" от 05.08.2000 № 117-ФЗ (редакция от 03.12.2012)